Acesse o seu dominio.com.br/webmail
Digite o e-mail e senha, depois irá aparecer três programas, sugiro que clique no Roundcube, clique na Caixa de entrada para listar todos os e-mails (quando tem muito e-mail demora para carregar, aguarde carregar), selecione as mensagens que serão apagadas e clique em Excluir, caso queira apagar todas, clique no Selecionar/Todas na parte inferior e clique em Excluir.